In der Saison 2005/06 stieg der SC Preußen Münster das erste Mal in die 4. Liga ab. Nach der Hinrunde hatte die Mannschaft nur 16 Punkte auf ihrem Konto (wie 2019/20). Der Trainer wurde ausgetauscht, aber auch Alt-Preuße Hans-Werner Moors konnte den Abstieg nicht verhindern. Für die Rückkehr in die dritte Etage benötigte der Klub fünf Spielzeiten.
Daran sollte sich heute erinnern, wer behauptet, ein Desaster wie in der abgelaufenen Saison wäre dem SCP noch nie passiert und ein sofortiger Wiederaufstieg sei selbstverständlich. 2006 fielen die Preußen noch tiefer. Die 3. Liga war damals nur eine Regionalliga und von ihrer Spielstärke her mit der heutigen nicht zu vergleichen. Der SCP landete in der Oberliga Westfalen.
Im Sommer 2011 war der SCP wieder drittklassig. Die 3. Liga war nun eine eingleisige und sehr professionell. Im folgenden Jahr klopfte der Klub ernsthaft an die Tür zur 2. Bundesliga – auch mit Hilfe erheblicher Investitionen. Anschließend zog man sich ins Mittelfeld der Tabelle zurück, bis es nun zum Absturz kam.